洁净室的能耗远高于一般办公楼，如果不采取新的革新设计方法、研制新式节能设备、提高运行管理水平，将在能源消耗上要付出更高的代价。洁净室的各类制冷负荷主要有：新风、风机、工艺设备、风机温升、照明、围护结构、人等，制冷负荷中最重要的是新风、风机温升和工艺设备三项，一般来说尤以新风负荷最大；洁净室风量比一般空调大几倍至几十倍，风压又高出490-686.5Pa，约占系统压头一半左右，所以运行的风机动力负荷比一般空调大3-30倍，对于100级以上单向流洁净室，风机负荷达到制冷负荷的2-4倍，对于乱流洁净室也相当于制冷负荷的1/3-1/2。

洁净室在满足工艺洁净度要求下，采用低阻过滤器，能用低阻亚高效过滤器的就不用阻力高出3-4倍的高效过滤器；使用风机台数进行分布控制风量，对于工业洁净室，考虑到运行时、维修时和下班时的不同，或者工作任务饱满和空间的不同，可以通过风机台数进行分布控制风量，如采用双风速控制；减少系统和空调器的漏风量；对于无尘粒影响的车间，将洁净室按洁净度水平串联起来，然后由一个机组贯通送风，即最初的送风经过高级别至低级别的房间后再回到空调机组；对于既有以消除余热为主，净化要求不太高的房间，又有主要要求净化的房间，可以交叉利用洁净气流，并采用下送上回方式，在不影响洁净要求的前提下，可节能30%-40%。

在生产运行过程中，生产工作停止时，排气柜应减小排风量，新风量亦随之调小；根据不同的工艺过程应能有效控制室内换气次数；提高空调净化系统的自控水平，能够实现既保证运行质量，又达到节能的目的；过渡季是否增加新风比，以及值班运行方式是否提前开动运行均应通过经济比较确定；与一般空调系统相同，运行中在某些季节应尽可能利用自然的冷却作用。

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